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一，两者的作用不同：

1、超净工作台的作用：通过风机将空气吸入预过滤器，经由静压箱进入高效过滤器过滤，将过滤后的空气以垂直或水平气流的状态送出，使操作区域达到百级洁净度，保证生产对环境洁净度的要求。

2、生物安全柜的作用：是防止实验操作处理过程中某些含有危险性或未知性生物微粒发生气溶胶散逸的箱型空气净化负压安全装置。

三、两者的用途不同：

1、超净工作台的用途：超净工作台是一种提供局部无尘无菌工作环境的单向流型空气净化设备。适用于医药卫生、生物制药、食品、医学科学实验、光学、电子、无菌室实验、无菌微生物检验、植物组培接种等需要局部洁净无菌工作环境的科研和生产部门。

也可连接成装配生产线具有低噪声、可移动性等特点。它的使用对改善工艺条件,提高产品质量和增大成品率均有良好效果。

2、生物安全柜的用途：广泛应用于微生物学、生物医学、基因工程、生物制品等领域的科研、教学、临床检验和生产中，是实验室生物安全中一级防护屏障中基本的安全防护设备。

1 生物安全柜一般是做致病菌，霉菌酵母菌来用，操作区域是负压，简单说是往处抽风的，当然致病菌也不是直接抽出排到室外，是过滤在生物安全柜的顶部漏器上，从排风量上可以分为，50%外排型，75% 以及100%外排型。
2 超净台是做一般对人体没有直接伤害的常规细菌的操作实验，正压送风，吹向样品以及实验人员的风是经过过滤器过滤，达到局部百级。
3 超净台就相当于一个缩小了的无菌室（无菌空间）

简单的说就是生物安全柜是往里面吸空气，防止生物病菌或试剂溅出安全柜污染实验室和实验员，是保护人的设计。
超净台是往外吹风，不考虑实验室和实验员，是保证试验台无菌环境的仪器。​